På 1940- og 1950-tallet hjalp Jelena Bonner politiske fanger og deres familier. Hun var med på å grunnlegge Moscow Helsinki Group i 1976. I 1984 ble hun dømt til fem år i eksil i Gorkij etter å ha hjulpet sin mann, Andrej Sakharov, som var i eksil der, med å få arbeidene hans tilbake til Moskva.

Etter at mannen døde i 1989, stiftet hun Andrej Sakharov-fondet og Sakharov-arkivene i Moskva for å fortsette kampen for menneskerettigheter. Bonner fortsatte å snakke frittalende om demokrati og menneskerettigheter i Russland, spesielt om den autoritære politikken i Kreml.

Fra 2006 tilbrakte Bonner tid i både Moskva og USA. I 2011 døde hun av hjertesvikt i Boston i USA.